绿金院实行理事会与学术委员会指导下的院长负责制，下设研究中心、实验室、国际合作部、绿色金融成果转化中心、品牌中心、院办公室及绿色金融青年国际研究会。其中，研究中心下设绿色金融研究中心、能源金融研究中心、气候金融研究中心、ESG 研究中心、绿色“一带一路”研究中心，2022年在国家文物局直属单位中国文物交流中心支持下设立艺术品金融与慈善财经研究中心。实验室下设绿色金融产品创新实验室、绿色债券实验室、健康金融实验室、绿色金融科技实验室和绿色贸易融资实验室。品牌中心下设传播中心、教育中心、内容中心、联盟事业部、实验室事业部。绿色金融青年国际研究会是在研究院指导下运行的学生社团组织。

目前，绿金院已建成以北京团队、杭州团队和广州团队为核心的“一体两翼”设置，覆盖京津冀、长三角、粤港澳，为中国绿色金融及可持续发展提供相关服务。