绿金院实行理事会与学术委员会指导下的院长负责制，下设研究中心、实验室、量化与数据中心、绿色金融成果转化中心、传播中心、教育中心、院办公室及绿色金融青年国际研究会。其中，研究中心下设绿色金融研究中心、能源金融研究中心、气候金融研究中心、ESG 研究中心、国际合作与发展研究中心。实验室下设绿色金融产品创新实验室、绿色债券实验室、健康金融实验室、绿色金融科技实验室和绿色贸易融资实验室。绿色金融青年国际研究会是在研究院指导下运行的学生社团组织。

目前，绿金院已建成以北京团队、杭州团队和广州团队为核心的“一体两翼”设置，覆盖京津冀、长三角、粤港澳，为中国绿色金融及可持续发展提供相关服务。2024年，重庆西部绿色金融研究院获得重庆市政府批复，绿金院作为该院技术支持团队，以开展前沿研究探索绿色金融、转型金融支持新质生产力发展的方式，为西部地区的建设开发贡献力量。